Общероссийская общественная организация «Союз казаков» образована 29 июня 1990 года делегатами Учредительного Круга казаков (со всей территории Советского Союза), в качестве представительного народного объединения, выступающего не только за возрождение и государственное становление Казачества, но и за восстановление Великой, Единой и Неделимой России.
Атаманом Союза казаков России (с 2000 года Верховный Атаман Союза казаков) являлся донской казак, полковник, доктор экономических наук, Мартынов Александр Гаврилович, последовательно избиравшийся на атаманство всеми шестью состоявшимися с 1990 по 2008 годы Всероссийскими казачьими Кругами.
В настоящее время Союз казаков России представляет собой единственную ОБЩЕРОССИЙСКУЮ ОРГАНИЗАЦИЮ КАЗАЧЕСТВА, имеющую разветвленную структуру казачьих объединений во всех местностях традиционного компактного проживания, но и во многих регионах нетрадиционного проживания казачества по воле судьбы заброшенного в эти районы.
Главной целью Союза казаков является возрождение политической, историко-культурной, духовной и хозяйственной самобытности казачества.
Возрождение казачества неразрывно связано с укреплением российской государственности, обретением нашим обществом политической стабильности, поддержанием традиций народовластия и духовным оздоровлением народа.
С первых дней своего существования Союз казаков, в лице своих представителей, ведет постоянную работу в государственных органах по разработке и принятию необходимых законодательных актов по реабилитации казачества.
26 апреля 1991 г. принят Закон РСФСР “О реабилитации репрессированных народов”, который содержит положения о необходимости государственной реабилитации казачества. В августе 1991 г. рабочей группой Верховного Совета РСФСР и членами Правления Союза казаков разработано Постановление Верховного Совета РСФСР «О политической реабилитации казачества», созданы комиссии ВС РФ и Правительства РФ по проблемам казачества. Активная работа по принятию и проведению в жизнь содержания подобных законодательных актов продолжается и в настоящее время. Усилиями Атамана Союза казаков и ряда депутатов Государственной Думы II созыва Государственной Думой, выступили в порядке законодательной инициативы, был направлен в Государственную Думу для принятия Закон «О казачестве», закладывающего основы становления казачества во благо России. В канун рассмотрения его палатой в Государственную Думу был внесен Президентом РФ законопроект «О российском казачестве».
В настоящее время структурные подразделения Союза казаков действуют на всех исторических землях казачества и на территориях современного расселения казаков.
В Союз казаков входят: Союз казаков Дальней России, Союз сибирских, уральских и семиреченских казаков, Донское казачье войско, Всекубанское казачье войско, Черноморское казачье войско, Ставропольское казачье войско, Терское казачье войско, Казачье войско Калмыкии, Астраханское казачье войско, Уральское казачье войско, Оренбургское казачье войско, Сибирское казачье войско, Семиреченское казачье войско, Единое Енисейское казачье войско, Иркутское казачье войско, Забайкальское казачье войско, Амурское казачье войско, Уссурийское казачье войско, Якутский казачий полк, отдельные казачьи округа: Северо-Донской, Западный, Северо-Западный, Сахалинский, Всекамчатский Союз казаков, и другие казачьи организации: союзы казаков и казачьи землячества (всего более 70 крупных региональных объединений).
По программе патриотического воспитания молодежи и детей Союз казаков проводит работу по организации и созданию казачьих учебных заведений, созданы и работают кадетские казачьи корпуса, кадетские классы, гимназии, воскресные приходские школы. Союз казаков является учредителем Московского казачьего кадетского корпуса им. М.А. Шолохова, в котором проходят обучение 300 кадетов.
29 июня 2008 года с г. Ставрополе прошел 7-й Общероссийский Большой Круг Союза казаков, на который прибыло 774 выборных делегата. Верховный Атаман Союза казаков Мартынов А.Г. подал в отставку, но Большой Круг решил оставить его пожизненно в звании Верховного Атамана. Действующим Верховным Атаманом Союза казаков избран родовой семиреченский казак полковник Задорожный Павел Филиппович.
В настоящее время Союз казаков России продолжает активно наращивать свою численность, через воссоздание бывших и вновь создаваемых региональных отделений в краях и областях: Липецкой, Орловской, Псковской, Ярославской, Нижегородской и других областях Российской Федерации.